Ζούμε μια επιδημία κακής έρευνας
Η κρίση αναπαραγωγιμότητας στη βιολογία
*της Joomi*
Μια ιστορία δημοσιεύτηκε πρόσφατα που θα πρέπει να προκαλέσει ρίγη στους βιολόγους παγκοσμίως:
Σοβαρά λάθη μαστίζουν το εργαλείο DNA που είναι ένα εργαλείο της βιολογίας
Το άρθρο, που δημοσιεύτηκε στο περιοδικό Nature, ανέφερε πώς μια ομάδα ερευνητών ανακάλυψε ότι σχεδόν τα μισά από τα εργαστηριακά πλασμίδια είχαν ελαττώματα. Τα πλασμίδια είναι κυκλικά κομμάτια DNA που χρησιμοποιούνται συνήθως σε σύγχρονα πειράματα βιολογίας.
Προφανώς, έχουν δημοσιευθεί πολλές επιστημονικές εργασίες “των οποίων τα αποτελέσματα δεν μπορούν να αναπαραχθούν λόγω σφαλμάτων στον σχεδιασμό των πλασμιδίων”.
Η ομάδα διαπίστωσε ότι σχεδόν τα μισά από τα πλασμίδια είχαν σχεδιαστικά ελαττώματα, συμπεριλαμβανομένων σφαλμάτων σε αλληλουχίες ζωτικής σημασίας για την έκφραση ενός θεραπευτικού γονιδίου.
Σχεδόν τα μισά από τα πλασμίδια είχαν σχεδιαστικά ελαττώματα…
Οι ερευνητές που το διαπίστωσαν αυτό ήταν “έκπληκτοι” από τη συχνότητα των σφαλμάτων που αποκαλύφθηκαν στη μελέτη.
Αλλά ίσως δεν θα είχαν εκπλαγεί, αν είχαν εξετάσει τα προβλήματα σε άλλες τεχνικές της μοριακής βιολογίας που χρησιμοποιούνται συνήθως.
Δεν είναι μόνο τα πλασμίδια
Το 2015, το Nature ανέφερε επίσης για ένα σημαντικό πρόβλημα με τα αντισώματα, τα οποία είναι πρωτεΐνες που είναι από τα πιο συχνά χρησιμοποιούμενα εργαλεία στις βιολογικές επιστήμες: Κρίση αναπαραγωγιμότητας: Κατηγορήστε για αυτήν τα αντισώματα
Ανέφεραν ότι διαφορετικές παρτίδες αντισωμάτων που πωλήθηκαν από την ίδια εταιρεία, που υποτίθεται ότι ήταν πανομοιότυπα, δεν έδωσαν τα ίδια αποτελέσματα.
Η μεταβλητότητα από παρτίδα σε παρτίδα… μπορεί να παράγει δραματικά διαφορετικά αποτελέσματα.
Αυτό είναι κακό. Η πλειονότητα των μελετών μοριακής βιολογίας πιθανώς χρησιμοποιεί αντισώματα για τουλάχιστον ένα μέρος της μελέτης. Μπορεί να έχετε ακούσει για τα western blots. Τα αντισώματα είναι το κλειδί για αυτήν την τεχνική. Χρησιμοποιούνται επίσης σε πολλά διαγνωστικά εργαλεία, συμπεριλαμβανομένων πολλών test για την COVID.
Το άρθρο ανέφερε επίσης ότι μια αξιολόγηση 246 αντισωμάτων που χρησιμοποιήθηκαν σε επιγενετικές μελέτες διαπίστωσε ότι το ένα τέταρτο των δοκιμών για ειδικότητα απέτυχε, πράγμα που σημαίνει ότι συχνά δεσμεύονταν σε περισσότερους από έναν στόχους.
Τώρα, δεν είναι είδηση ότι μερικές φορές τα αντισώματα δεν είναι αρκετά ειδικά και συγκεκριμένα, αλλά πιθανότατα έχουμε υποτιμήσει κατά πολύ πόσο προβληματικά είναι. Σε αυτή τη μελέτη, εξέτασαν χιλιάδες εμπορικά αντισώματα και διαπίστωσαν ότι μόνο τα μισά περίπου ήταν σε γενικές γραμμές αξιόπιστα. Ωχ…
Πολλές τέτοιες περιπτώσεις
Τα προβλήματα αφθονούν με πολλές πειραματικές τεχνικές. Έχω αναφέρει παλιότερα για μεγάλα προβλήματα με τη χρώση. Και έχω γράψει για το πόσες κυτταροκαλλιέργειες είναι μολυσμένες.
Αυτό είναι ένα πρόβλημα, γιατί μπορεί να επηρεάσει ριζικά τα αποτελέσματα των πειραμάτων.
Αυτό που είναι πιο ανησυχητικό, είναι ότι ακόμα και όταν ανακαλύπτεται ένα πρόβλημα, συχνά δεν γίνεται τίποτα γι' αυτό. Το πρόβλημα των μολυσμένων κυτταροκαλλιεργειών παραμένει εδώ και δεκαετίες.
Τα λάθη και τα τεχνουργήματα είναι συνηθισμένα στην πειραματική βιολογία. Ακολουθούν μερικά ακόμη τυχαία παραδείγματα:
Και φυσικά υπάρχουν περιπτώσεις απάτης.
Περισσότερα παραδείγματα απάτης εδώ.
Δεν είναι απλώς πειραματικό λάθος
Το πρόβλημα είναι χειρότερο από απλώς πειραματικό λάθος ή απάτη.
Σε άλλο άρθρο, συζήτησα πώς δόθηκε σε διαφορετικούς βιολόγους το ίδιο σύνολο δεδομένων και ζητήθηκε να το αναλύσουν. Οι ερευνητές κατέληξαν σε πολύ διαφορετικά συμπεράσματα, παρόλο που εργάζονταν με τα ίδια δεδομένα. Αυτό συνέβη γιατί διέφεραν στις αναλυτικές τους αποφάσεις.
Μπορείτε να φανταστείτε πόσο χειρότερο γίνεται όταν μιλάμε για μοντέλα. Όχι μόνο ένα μοντέλο μπορεί να βασίζεται σε κακά δεδομένα, είτε λόγω πειραματικού λάθους, είτε λόγω απάτης, αλλά διαφορετικές αποφάσεις για τον τρόπο δημιουργίας του μοντέλου μπορούν να επηρεάσουν σημαντικά τις προβλέψεις του.
Είναι δύσκολο να μην συμπεράνουμε ότι ζούμε μια επιδημία κακής έρευνας...
