Ο γρίφος της μετάδοσης του SARS-CoV-2
Μέρος 4ο
*των Tom Jefferson & Carl Heneghan*
Ερχόμαστε τώρα στον κεντρικό ρόλο που έπαιξε η κακή χρήση και η εσφαλμένη αναφορά της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης (PCR) στην πρόσφατη πανδημία. Ειδικά η παραπλανητική, ανόητη αναφορά θετικότητας/αρνητικότητας της δυαδικής PCR χωρίς να λαμβάνονται υπόψη τα χαρακτηριστικά του ασθενούς, το ιατρικό ιστορικό και η επιδημιολογική κατάσταση.
Ενώ βυθιζόμασταν στην ανασκόπηση των μελετών, σύντομα συνειδητοποιήσαμε ότι μια “υπόθεση” σήμαινε διαφορετικά πράγματα ανάλογα με το πού κοιτάζατε. Τον Σεπτέμβριο του 2020, καταγράψαμε αυτές τις διαφορές. Μπερδευόμασταν τότε, όσο και τώρα, από ένα κεντρικό ερώτημα: πότε είναι η Covid-19, η Covid-19;
Η COVID-19 αναγνωρίστηκε για πρώτη φορά ως μια σοβαρή άτυπη πνευμονία που προκαλεί νόσο, συνοδευόμενη από πυρετό, βήχα και μερικές φορές μια σειρά από άλλα συμπτώματα. Τα κλινικά χαρακτηριστικά των 41 ασθενών που μολύνθηκαν με τον νέο κορωνοϊό του 2019 στη Γουχάν περιελάμβαναν πνευμονία με μη φυσιολογικά ευρήματα στην αξονική τομογραφία θώρακα.
Ο ΠΟΥ ορίζει ένα επιβεβαιωμένο κρούσμα ως “Άτομο με εργαστηριακή επιβεβαίωση μόλυνσης από COVID-19, ανεξάρτητα από κλινικά σημεία και συμπτώματα”. Έτσι, ένα θετικό εργαστηριακό τεστ υπερτερεί όλων των άλλων.
Ομοίως, σύμφωνα με τα Ευρωπαϊκά Κέντρα Ελέγχου Νοσημάτων (ECDC), τα Κέντρα Ελέγχου Νοσημάτων των ΗΠΑ (CDC) και τη Δημόσια Υγεία της Αγγλίας, ένα θετικό εργαστηριακό τεστ υπερτερεί των πάντων και είναι πιο σημαντικό από την κλινική διάγνωση. Ένα αναφερόμενο “κρούσμα” είναι απλώς το αποτέλεσμα μιας θετικής δοκιμής PCR. Η νέα οδηγία δεν έχει νόημα, εκτός εάν παρέχει ένα σαφές όριο για τα όρια ανίχνευσης. Για πολλούς των οποίων το τεστ είναι θετικό, δεν μπορεί να καταγραφεί τίποτα σχετικά με τυχόν κλινικά συμπτώματα.
Ο ορισμός των ύποπτων κρουσμάτων μοιάζει με αυτό που θα περιμέναμε συνήθως για να κάνουμε μια διάγνωση με βάση κλινικά κριτήρια. Αυτό, ωστόσο, απορρίφθηκε όταν επρόκειτο για επιβεβαιωτική διάγνωση και αντικαταστάθηκε από ένα μόνο αποτέλεσμα δοκιμής PCR - όποιο άτομο πληρούσε τα εργαστηριακά κριτήρια παρέμενε επιβεβαιωμένο κρούσμα.
Η μοριακή δοκιμή PCR αναζητά μικροσκοπικά ιικά θραύσματα από ένα ή περισσότερα δείγματα από το ίδιο άτομο. Δεν μπορεί να διακρίνει τη διαφορά μεταξύ ενός θραύσματος ιού και ολόκληρου του ιού. Για παράδειγμα, οι εκκινητές της PCR για τον SARS-CoV-2 καλούνται να αναζητήσουν μία ή περισσότερες από τις πρωτεΐνες σε αυτήν τη γραφική ιική αναπαράσταση (με την ευγενική προσφορά του Ινστιτούτου Innovative Genomics). Καθώς η PCR είναι πολύ ευαίσθητη, η ενίσχυση του τεστ πολλές φορές σημαίνει ότι έχει υψηλές πιθανότητες να βρει ό,τι του ζητηθεί να βρει.
Απουσία εξωτερικής μόλυνσης, η PCR θα αναγνωρίσει τα προκαθορισμένα ιικά θραύσματα που αναζητάτε, ανεξάρτητα από το πόσο υπάρχει στο δείγμα.
Αλλά εδώ είναι το θέμα: η θετική PCR εξισώθηκε με το μόνο είδος κρούσματος που έχει σημασία σε μια επιδημία: το μολυσματικό κρούσμα, το οποίο μπορεί να μεταδώσει τη λοίμωξη.
Αλλά αυτό είναι μια πλάνη. Χρειάζεστε έναν ολόκληρο ιό για να μπορεί να αναπαραχθεί, όχι μόνο θραύσματα. Το αυτοκίνητό σας δεν θα λειτουργήσει εάν χάσετε μερικά κομμάτια από τον κινητήρα. Αυτό το σημείο είναι κεντρικό στη σκέψη μας και σε όλα όσα συζητάμε από εδώ και πέρα. Αυτό που ακολουθεί δεν θα έχει νόημα αν δεν καταλάβετε αυτό το ζωτικό σημείο.
Τον Αύγουστο του 2020, δημοσιεύσαμε την πρώτη έκδοση της αναθεώρησής μας σχετικά με τις καλλιέργειες ιών για την αξιολόγηση της μολυσματικότητας της COVID-19. Δοκιμάζαμε PCR έναντι του γνωστού χρυσού προτύπου για τη βιωσιμότητα του ιού: την ικανότητα ανάπτυξης των δειγμάτων σε καλλιέργεια. Συμπεριλάβαμε 14 μελέτες και προτείναμε μια σχέση μεταξύ του χρόνου από τη συλλογή ενός δείγματος έως τη δοκιμή, του ορίου αντιγραφής και της σοβαρότητας των συμπτωμάτων. Το δημοσιεύσαμε σε έναν ιστότοπο προεκτυπώσεων, το MedXriv, ώστε να συνεχίσουμε να ενημερώνουμε την ανασκόπηση. Εκείνη την εποχή, αντιμετωπίσαμε έναν κατακλυσμό αποδεικτικών στοιχείων. Μέσα στις επόμενες οκτώ εβδομάδες, η ανασκόπηση ενημερώθηκε άλλες τρεις φορές για να συμπεριλάβει 29 μελέτες.
Ήμασταν πιο σίγουροι για τα συμπεράσματα και υποβάλαμε την ανασκόπηση στο περιοδικό Clinical Infectious Diseases.
Αναλύοντας τα δυνατά σημεία και τους περιορισμούς της PCR, συνειδητοποιήσαμε ότι λίγοι άνθρωποι ρωτήθηκαν σχετικά με τη διάρκεια των συμπτωμάτων ή τις βασικές πληροφορίες για την υγεία, όπως το προηγούμενο ιατρικό ιστορικό ή το ιστορικό φαρμάκων. Αυτές οι πληροφορίες, μαζί με το λεγόμενο κατώφλι κύκλων ή Ct (ένα υποκατάστατο μέτρο του ιικού φορτίου), ήταν ζωτικής σημασίας για την ερμηνεία ενός αποτελέσματος PCR, το οποίο δεν πρέπει ποτέ να γίνεται μεμονωμένα από το ιατρικό και φαρμακευτικό ιστορικό του ατόμου.
Το Ct (κατώφλι κύκλων) ορίζεται ως ο αριθμός των κύκλων που απαιτούνται για να περάσει το σήμα φθορισμού το κατώφλι (να υπερβεί το βασικό επίπεδο). Τα επίπεδα Ct είναι αντιστρόφως ανάλογα της ποσότητας του νουκλεϊκού οξέος στόχου στο δείγμα (όσο χαμηλότερο είναι το επίπεδο Ct, τόσο μεγαλύτερη είναι η ποσότητα του νουκλεϊκού οξέος στόχου στο δείγμα).
Εξετάσαμε περαιτέρω τη σχέση μεταξύ της θετικότητας της PCR, των συμπτωμάτων, του κατωφλιού κύκλων και της ικανότητας του δείγματος να αναπτύξει έναν αναπαραγόμενο ιό (μία από τις βασικές συνθήκες μολυσματικότητας στο Πλαίσιό μας). Μπορέσαμε να διαπιστώσουμε ότι ένα χαμηλό Ct περίπου 25 ή μικρότερο συσχετίστηκε με την πιθανότητα καλλιέργειας του ιού σε εργαστήριο, δηλαδή μια από τις απαραίτητες συνθήκες για μολυσματικότητα.
Όσο χαμηλότερο είναι το Ct, τόσο μεγαλύτερη είναι η πιθανότητα μολυσματικότητας λόγω της φύσης της PCR, η οποία ενισχύει τα ιικά συστατικά-στόχους μέσω μιας σειράς κύκλων. Όσο υψηλότερη είναι η συγκέντρωση των ιικών συστατικών στο δείγμα (οι ιικές πρωτεΐνες που καλείται να αναζητήσει), τόσο πιο γρήγορα σταματούν οι ενισχύσεις και τόσο μικρότερος είναι ο αριθμός των κύκλων που απαιτούνται για την αναγνώριση του συστατικού.
Ωστόσο, εκείνοι οι άνθρωποι με προϋπάρχουσες παθολογίες ή των οποίων το ανοσοποιητικό σύστημα είναι μερικώς υπονομευμένο μπορεί να συνεχίσουν να εκκρίνουν μολυσματικά σωματίδια για πολύ μεγάλο χρονικό διάστημα, με κατώφλι κύκλων που πέφτει όταν γίνουν μεταδοτικοί και μπορεί να αυξηθεί ξανά όταν οι άμυνές τους καταπολεμούν με επιτυχία τον ιό.
Τα υγιή άτομα που αναρρώνουν από τη λοίμωξη μπορεί να εξακολουθούν να φιλοξενούν ιικά υπολείμματα για εβδομάδες. Εξακολουθούν να είναι θετικά στο τεστ, αλλά αν δεν καταλαβαίνετε την PCR, χωρίς ένα κατώφλι κύκλων να προσεγγίζει το ιικό φορτίο, δεν θα καταλάβετε ότι πρόκειται για “θετικά” που δεν αποτελούν κίνδυνο για κανέναν, καθώς δεν έχουν πλέον ενεργή νόσο. Αυτός είναι ο λόγος για τον οποίο οι άνθρωποι κρατήθηκαν άσκοπα σε απομόνωση για μεγάλες περιόδους.
Από νωρίς, δύο μελέτες υποστήριξαν τη σκέψη μας. Η πρώτη, των Singanagam et al. βρήκε ότι η διάρκεια της μολυσματικότητας συσχετίζεται ισχυρά με τις τιμές κατωφλίου κύκλων της RT-PCR.
Τι έκαναν;
Η μελέτη αναφέρει τη δοκιμή για συσχέτιση μεταξύ των αποτελεσμάτων της RT PCR και του κατωφλιού κύκλων (Ct), της ημέρας έναρξης των συμπτωμάτων και της πιθανότητας καλλιέργειας ζωντανού SARS CoV-2 σε 324 δείγματα από 253 θετικά κρούσματα (από ένα αρχικό σύνολο 754 δειγμάτων της ανώτερης αναπνευστικής οδού από 425 συμπτωματικά κρούσματα που βρέθηκαν θετικά).
Τι βρήκαν;
Οι τιμές κατωφλίου κύκλων της RT-PCR ως μέτρο του ιικού φορτίου του SARS-CoV-2 έδειξαν ότι το επίπεδο του RNA του SARS-CoV-2 στην ανώτερη αναπνευστική οδό ήταν υψηλότερο κατά την έναρξη των συμπτωμάτων, σταθερά μειωμένο κατά τις πρώτες δέκα ημέρες μετά την έναρξη της νόσου και μετά παρέμενε το ίδιο. Η ανίχνευση του καλλιεργήσιμου ιού κορυφώθηκε περίπου τη στιγμή της έναρξης των συμπτωμάτων.
Στα 246 δείγματα από 176 συμπτωματικές περιπτώσεις όπου ήταν γνωστή η ημερομηνία έναρξης των συμπτωμάτων, 103 (42%) από 81 κρούσματα ήταν θετικά σε καλλιέργεια, γεγονός που σημαίνει ότι 30 δείγματα από τα οποία καλλιεργήθηκε ο ιός ήταν ασυμπτωματικά.
Δέκα ημέρες μετά την έναρξη των συμπτωμάτων, η πιθανότητα καλλιέργειας του ιού μειώθηκε στο 6,0% (95% CI: 0,9–31,2%). Η μελέτη υπολόγισε επίσης ότι η αναλογία πιθανοτήτων ανάκτησης μολυσματικού ιού μειώθηκε κατά 0,67 για κάθε μονάδα αύξησης του κατωφλιού κύκλων.
Μπορείτε να δείτε αυτή τη σχέση στο Σχήμα 2 της μελέτης - καθώς αυξάνεται το κατώφλι κύκλων, η πιθανότητα θετικότητας της καλλιέργειας μειώνεται.
Στη δεύτερη μελέτη, οι Bullard et al. διερεύνησαν την ιική καλλιέργεια σε δείγματα από μια μεγαλύτερη ομάδα ασθενών. Συνέκριναν τα αποτελέσματα με τα δεδομένα των δοκιμών PCR και τον χρόνο εμφάνισης των συμπτωμάτων.
Τι έκαναν;
Πιο συγκεκριμένα, οι Bullard et εξέτασαν τις τιμές κατωφλίου κύκλων της RT-PCR του γονιδίου E του SARS-CoV-2 από αναπνευστικά δείγματα και τις συνέκρινε με την έναρξη των συμπτωμάτων από τον χρόνο δοκιμής και τη μολυσματικότητα σε κυτταρική καλλιέργεια, όπως φαίνεται από την ικανότητα μόλυνσης κυτταρικών σειρών Vero.
Τι βρήκαν;
Οι Bullard et al. δεν ανέφεραν καμία αύξηση σε δείγματα με κατώφλι κύκλων μεγαλύτερο από 24 ή έναρξη συμπτωμάτων από το χρόνο δοκιμής πέραν των οκτώ ημερών. Η πιθανότητα απόκτησης θετικής ιικής καλλιέργειας κορυφώθηκε την τρίτη ημέρα και μετά μειώθηκε. Παρόμοια με τον Singanayagam, ο Bullard διαπίστωσε ότι η έναρξη των συμπτωμάτων στη δοκιμή και το κατώφλι κύκλων έδειξαν ότι για κάθε αύξηση κατά μία μονάδα, οι πιθανότητες θετικής καλλιέργειας μειώθηκαν κατά 36%. Δείτε την Εικόνα 3 στη μελέτη για να κατανοήσετε αυτή τη σχέση.
Έτσι, για τους περισσότερους υγιείς ανθρώπους, η κορύφωση της μολυσματικότητας διαρκεί μόλις λίγες ημέρες πριν η μόλυνση εξασθενίσει. Μερικές φορές, προηγείται της έναρξης των συμπτωμάτων ή δεν υπάρχουν καθόλου συμπτώματα ή τα συμπτώματα είναι ελάχιστα. Όταν το ανοσοποιητικό τους σύστημα εξουδετερώσει επιτυχώς τον ιό, μπορεί να αποβάλλει θραύσματα για εβδομάδες ή μήνες. Η PCR τα ανιχνεύει, αλλά η καλή τους υγεία και το υψηλό κατώφλι κύκλων θα πρέπει να μαρτυρούν την κατάσταση της ανάρρωσής τους.
Εδώ έγκειται η παραφροσύνη των πολιτικών μαζικού προσυμπτωματικού ελέγχου που βασίζονται στην PCR χωρίς επαρκείς πληροφορίες και λεπτομερή παρακολούθηση κάθε ατόμου που εξετάζεται. Εξηγεί επίσης γιατί τόσοι πολλοί άνθρωποι εξακολουθούν να είναι “θετικοί” παρόλο που δεν είναι πλέον μολυσματικοί.
Τον Αύγουστο του 2020, στο Spectator, ρωτήσαμε αν η κλινική ιατρική ήταν νεκρή, καθώς κάθε περίπτωση και ο καθένας μας είναι διαφορετικός και ο μαζικός έλεγχος με απλοϊκές απαντήσεις που δεν λαμβάνουν υπόψη τις αποχρώσεις του κατωφλιού των κύκλων είναι το αντίθετο της προσεκτικής προσέγγισης την οποία διδαχθήκαμε ως φοιτητές ιατρικής.
Η τρέλα των πολιτικών χειρισμών που διέπουν την ιδέα του μαζικού προσυμπτωματικού ελέγχου με χρήση ποιοτικής PCR υπογραμμίζεται από την παραγωγή τον Οκτώβριο του 2020 από την πρώην Δημόσια Υγεία Αγγλίας αυτού που πρέπει να κατατάσσεται ως ένα από τα πιο ξεκάθαρα έγγραφα που έχουν δημιουργηθεί ποτέ για την κατανόηση του κατωφλιού κύκλων (Ct) στην RT-PCR για τον SARS-CoV-2. Κάτι πήγε άσχημα στη λήψη αποφάσεων, ίσως με το αριστερό χέρι να μην ξέρει τι έκανε το δεξί.
Είχαμε αρχίσει να κάνουμε κάποια πρόοδο στη σκέψη μας, αλλά ερχόντουσαν και άλλα.
