Ο SARS-CoV-2 μολύνει βακτήρια του εντέρου; Ένα ασυνήθιστο εύρημα
Και αλλαγή παραδείγματος, αν είναι αλήθεια.
*της Joomi*
Μια αναπάντεχη διαπίστωση
Γνωρίζουμε ήδη ότι ο SARS-CoV-2 μπορεί να μολύνει μια ποικιλία ζωικών κυττάρων, αλλά πρόσφατα, βγήκε μια σειρά μελετών που θα μπορούσαν να αλλάξουν το παράδειγμα στον τομέα της ιολογίας. Αυτές οι μελέτες φάνηκε να δείχνουν ότι ο SARS-CoV-2 αναπτύσσεται σε βακτήρια που απομονώνονται από κόπρανα.
Αυτό είναι πολύ περίεργο, επειδή τα βακτήρια είναι πολύ διαφορετικά από τα ζώα. Εδώ είναι ένα δέντρο φυλογένεσης για να σας δώσει μια αίσθηση του πόσο διαφορετικά είναι:
Υπάρχουν τρεις κύριοι κλάδοι που αντιπροσωπεύουν όλη τη ζωή στη γη: τα Βακτήρια, τα Αρχαία και οι Ευκαρυώτες. Οι ευκαρυώτες περιλαμβάνουν ζώα, φυτά και μύκητες, καθώς και πολλούς διαφορετικούς μονοκύτταρους οργανισμούς.
Στο δέντρο, οι αποστάσεις των κλαδιών συσχετίζονται κατά προσέγγιση με τη συγγένεια. Όσο πιο μακριά είναι δύο κλαδιά, τόσο λιγότερο σχετίζονται μεταξύ τους. Όπως μπορείτε να δείτε από το δέντρο, εμείς (τα ζώα) σχετιζόμαστε περισσότερο με τα δέντρα, τα μανιτάρια και τους μύκητες, παρά με τα βακτήρια.
Η πρώτη μελέτη
Ακολουθεί η πρώτη μελέτη: Η αύξηση του φορτίου RNA του SARS-CoV-2 σε δείγματα κοπράνων προτρέπει την επανεξέταση της βιολογίας του SARS-CoV-2 και της επιδημιολογίας της COVID-19
Να τι έκαναν:
Πήραν θετικά δείγματα κοπράνων για τον SARS-CoV-2 από ανθρώπους και χώρισαν τα δείγματα ανά μέγεθος, για να διαχωρίσουν τους ιούς από τα κύτταρα. Πήραν το ελαφρύτερο τμήμα των δειγμάτων, το οποίο θα περιελάμβανε ιούς, αλλά θα απέκλειε κύτταρα και το χρησιμοποίησαν για να εμβολιάσουν δείγματα κοπράνων που ήταν αρνητικά στον SARS-CoV-2.
Όταν το έκαναν αυτό, παρατήρησαν ότι τα επίπεδα του RNA του SARS-CoV-2 ανέβηκαν σε αυτά τα δείγματα κοπράνων. Το παρακάτω σχήμα δείχνει το φορτίο ιικού RNA ως συνάρτηση του χρόνου, σε δείγματα κοπράνων από τρία διαφορετικά άτομα:
Διαπίστωσαν επίσης ότι όταν πρόσθεσαν ορισμένα αντιβιοτικά στα δείγματα, σταματούσαν την ανάπτυξη του ιικού RNA.
Έψαξαν επίσης για κομμάτια πρωτεϊνών του SARS-CoV-2 και είδαν τα επίπεδα αυτών να ανεβαίνουν επίσης με τον χρόνο, αν και περιέργως μερικές από αυτές περιείχαν μεταλλάξεις.
Μια μελέτη παρακολούθησης χρησιμοποίησε απομονωμένα βακτήρια
Αλλά δεν θα μπορούσε να είναι ότι υπήρχαν άλλοι οργανισμοί, εκτός από βακτήρια, στα ανθρώπινα δείγματα κοπράνων; Εξάλλου, υπάρχουν ευκαρυωτικοί οργανισμοί που αποτελούν μέρος του μικροβιώματος του εντέρου. Ίσως ο SARS-CoV-2 να μόλυνε μερικούς από αυτούς;
Αυτή είναι μια πιθανότητα, αλλά η ίδια ερευνητική ομάδα ακολούθησε αυτή τη μελέτη: Στοιχεία δυναμικού βακτηριοφάγου του SARS-CoV-2 σε μικροχλωρίδα του ανθρώπινου εντέρου
Επανέλαβαν μερικά από τα πειράματα από την πρώτη μελέτη και επίσης έδειξαν ότι μπορούσαν να αναπτύξουν τον SARS-CoV-2 σε απομονωμένα βακτήρια. Συγκεκριμένα τα Faecalibacterium prausnitzii και Dorea formicigeneransm, τα οποία είναι βακτηριακά στελέχη που βρίσκονται συνήθως στα ανθρώπινα κόπρανα.
Αυτά τα στελέχη βακτηρίων αγοράστηκαν ως καθαρά στελέχη. Φυσικά, είναι πιθανό οι βακτηριακές καλλιέργειές τους να είχαν μολυνθεί με κάτι άλλο, αλλά είναι δίκαιο να πούμε τουλάχιστον ότι έχουμε αποδείξεις πως ο SARS-CoV-2 αναπτύσσεται σε αυτά τα βακτήρια.
Η μελέτη πήρε επίσης εικόνες χρησιμοποιώντας ηλεκτρονικό μικροσκόπιο και παρατήρησε δομές που μοιάζουν με ιούς να αλληλεπιδρούν με τα εξωτερικά τοιχώματα των βακτηριακών κυττάρων.
Οι δομές που μοιάζουν με ιούς δεν ήταν ορατές στα βακτήρια από δείγματα ελέγχου.
Η μελέτη έδωσε επίσης στα βακτήρια μια πηγή αζώτου που χρησιμοποιούσε ένα βαρύ ισότοπο αζώτου, το N15. Μετά από αρκετές ημέρες, παρατήρησαν μια πρωτεΐνη ακίδας που είχε ενσωματώσει το Ν15. Δεδομένου ότι τα ιικά σωματίδια παράγονται από συστατικά που συντίθενται από τους ξενιστές τους, αυτό υποδηλώνει ότι η πηγή του βαρέως αζώτου στην πρωτεΐνη ακίδας ήταν το N15 που είχε προσληφθεί από τα βακτήρια.
Περισσότερες μελέτες
Από τότε είχαμε περισσότερες επακόλουθες μελέτες:
Αυτές έκαναν παρατηρήσεις που επιβεβαίωσαν τις δύο πρώτες μελέτες.
Επικάλυψη στους συγγραφείς
Πρέπει να αναφερθεί ότι όλες αυτές οι μελέτες μοιράζονται συν-συγγραφείς.
Τόσο η πρώτη, όσο και η δεύτερη μελέτη έχουν τον Mauro Petrillo ως πρώτο συγγραφέα και τον Guy Van den Eede ως τον τελευταίο συγγραφέα. Όλες οι μελέτες έχουν ως συγγραφείς τους Carlo Brogna και Simone Cristoni.
Αυτό δεν είναι απαραίτητα κακό, αλλά είναι αρκετά δίκαιο να παραμείνουμε κάπως αγνωστικιστές σχετικά με αυτά τα ευρήματα, μέχρι να έχουμε επιβεβαίωση από άλλες ανεξάρτητες ερευνητικές ομάδες.
Ερμηνεία των αποτελεσμάτων
Η τρέχουσα κατανόησή μας για το πώς λειτουργούν οι ιοί, υποδηλώνει ότι οι ιοί μολύνουν τα κύτταρα δεσμεύοντας πρώτα συγκεκριμένους υποδοχείς σε αυτά τα κύτταρα. Με τον SARS-CoV-2, γνωρίζουμε ότι μπορεί να εισέλθει στα κύτταρά μας δεσμεύοντας τους υποδοχείς ACE-2.
Είναι δυνατόν κάποια από τα βακτήρια στο έντερό μας να έχουν υποδοχείς που μοιάζουν με το ACE-2;
Οι ερευνητές αναφέρουν ότι μια ανάλυση βιοπληροφορικής αποκάλυψε ότι ορισμένα βακτήρια που βρίσκονται στην ανθρώπινη ανώτερη αναπνευστική οδό “εκφράζουν πρωτεΐνες που δεσμεύουν τη γλυκοπρωτεΐνη ακίδας SARS-CoV-2”. Αυτά τα βακτήρια φαίνεται να έχουν πρωτεΐνες που μοιάζουν με το ACE-2.
Μπορεί να υπάρχουν βακτήρια στο έντερο που εκφράζουν επίσης πρωτεΐνες που μοιάζουν με το ACE-2;
Τουλάχιστον, φαίνεται ότι τα βακτήρια του εντέρου αλληλεπιδρούν με τον SARS-CoV-2, ακόμα κι αν ο SARS-CoV-2 δεν μολύνει άμεσα τα βακτήρια.
Μία από τις μελέτες ανέφερε:
Πολύ πρόσφατες μελέτες έχουν παράσχει σαφείς ενδείξεις ότι οι βακτηριοφάγοι μπορούν να αλληλεπιδράσουν με ευκαρυωτικά κύτταρα, προκαλώντας επιδράσεις στις λειτουργίες του ανοσοποιητικού συστήματος, του αναπνευστικού συστήματος, του κεντρικού νευρικού συστήματος, του γαστρεντερικού συστήματος, του ουροποιητικού συστήματος και του αναπαραγωγικού συστήματος.
Περισσότερα για αυτό μπορείτε να βρείτε εδώ.
Φυσικά, είναι επίσης πιθανό ο SARS-CoV-2 να μην αλληλεπιδρά με βακτήρια του εντέρου, αλλά με άλλους οργανισμούς στο έντερο, ίσως μικρούς ευκαρυώτες. Ωστόσο, αυτό θα πρέπει να σημαίνει ότι όταν οι ερευνητές έδειξαν ότι ο SARS-CoV-2 αναπτύσσεται σε βακτηριακές καλλιέργειες του εντέρου, αυτές οι καλλιέργειες ήταν στην πραγματικότητα μολυσμένες.
Γιατί δεν έχουν τραβήξει αυτές οι μελέτες περισσότερη προσοχή;
Είτε έτσι, είτε αλλιώς, αυτά τα ευρήματα είναι ενδιαφέροντα. Δεν είναι μόνο ότι μέχρι σήμερα, δεν γνωρίζουμε κανέναν ιό που μπορεί να μολύνει τέτοιους άσχετους ξενιστές.
Αλλά αυτά τα ευρήματα έχουν επίσης επιπτώσεις στον τρόπο αντιμετώπισης του SARS-CoV-2, καθώς και στον τρόπο παρακολούθησης των λοιμώξεων. Για παράδειγμα: μπορούμε να ερμηνεύσουμε το RNA του SARS-CoV-2 στα λύματα με τον ίδιο τρόπο, εάν αυτά τα ευρήματα ισχύουν;
Είναι κάπως περίεργο ότι δεν υπάρχει περισσότερο ενδιαφέρον για αυτές τις μελέτες. Ίσως γιατί δεν δημοσιεύτηκαν στα “καλύτερα” περιοδικά.
Αλλά αυτό είναι πολύ σύμφωνο με το πώς πάνε τα πράγματα μερικές φορές στην έρευνα. Η “επιστημονική κοινότητα” αργεί συχνά να αναγνωρίσει το νέο έργο. Τα "καλύτερα περιοδικά" μερικές φορές δεν αναγνωρίζουν την πρωτοποριακή έρευνα, ακόμη και όταν πέφτει στην αγκαλιά τους.¹
Μπορούμε να είμαστε αγνωστικιστές σχετικά με το πώς να ερμηνεύσουμε αυτά τα ευρήματα ή πόσο πρωτοποριακά είναι στην πραγματικότητα. Αλλά τουλάχιστον, τα ευρήματα πρέπει να εξηγηθούν. Θα πρέπει να ενδιαφέρουν όποιον ενδιαφέρεται για τους ιούς.
1 Για περισσότερα σχετικά με αυτό, διαβάστε πώς ο Kary Mullis υπέβαλε την εργασία του για την PCR τόσο στο Nature, όσο και στο Science, δύο από τα πιο “ευυπόληπτα” επιστημονικά περιοδικά. Και τα δύο την απέρριψαν. Αργότερα θα κέρδιζε το βραβείο Νόμπελ για αυτό το έργο. Ή διαβάστε για το πώς ο Hans Krebs είχε υποβάλει το έργο του για τον κύκλο του Krebs στο περιοδικό Nature. Το απέρριψαν επειδή το περιοδικό ήταν πολύ καθυστερημένο. Ο Krebs θα κέρδιζε αργότερα το βραβείο Νόμπελ για την ανακάλυψή του και ο κύκλος του Krebs μπορεί να βρεθεί σε κάθε σύγχρονο εγχειρίδιο βιοχημείας σήμερα.