Ο τρόπος με τον οποίο προσδιορίζουμε τη "μολυσματικότητα" του SARS-CoV-2 από θετικά δείγματα PCR είναι ατημέλητος και παραπλανητικός

"Vero Vero στον τοίχο, ποια είναι η καλύτερη κυτταρική σειρά από όλες";

Dec 19, 2022

της Joomi

Οι δοκιμές PCR υποτίθεται ότι είναι το “χρυσό πρότυπο” για τον προσδιορισμό του εάν κάποιος έχει μολυνθεί από τον SARS-CoV-2. Ωστόσο, το μόνο που μπορούν να κάνουν είναι να σας πουν εάν ορισμένες αλληλουχίες RNA υπάρχουν σε ένα δείγμα. Δεν μπορούν να σας πουν εάν αυτό το RNA προήλθε από μολυσματικό “βιώσιμο” ιό ή από μη μολυσματικό “νεκρό” ιό. Στην πραγματικότητα, το RNA μπορεί να μην προέρχεται καθόλου από ιό. Μπορεί να προέρχεται από θραύσματα RNA ή ελαττωματικά σωματίδια που μοιάζουν με ιούς και φιλοξενούν ατελή ιικά γονιδιώματα.

Αυτό που μας ενδιαφέρει πραγματικά όταν πρόκειται για τεστ σε ανθρώπους, είναι αν και πόσος ιός υπάρχει γύρω, που μπορεί να αρρωστήσει άλλους ανθρώπους.

Υπάρχουν μέθοδοι που προσπαθούν να το προσδιορίσουν. Αυτό το άρθρο θα συζητήσει τη μέθοδο που χρησιμοποιείται πιο συχνά και πώς μπορεί να παραπλανήσει κατάφωρα.

Πώς προσδιορίζουμε συνήθως πόσος μολυσματικός ιός υπάρχει σε ένα δείγμα;

Η πιο κοινή μέθοδος για τον προσδιορισμό του εάν και πόσο μολυσματικός SARS-CoV-2 υπάρχει σε ένα δείγμα, είναι να δούμε πόσο καλά οι ιοί στο δείγμα μπορούν να σκοτώσουν και να αναπτυχθούν στα κύτταρα Vero, τα οποία είναι νεφρικά κύτταρα πράσινου αφρικανικού πιθήκου. Συγκεκριμένα, μια υποσειρά κυττάρων Vero που ονομάζεται "Vero E6" χρησιμοποιείται πιο συχνά [1].

Γιατί τα κύτταρα Vero;

Λοιπόν, είναι εύκολο να λάβετε μεγάλες ποσότητες ιού. Αυτό οφείλεται εν μέρει στο ότι έχουν γενετικό ελάττωμα στην παραγωγή ιντερφερονών τύπου Ι (περισσότερα εδώ και εδώ), οι οποίες είναι μόρια σηματοδότησης που βοηθούν στην καταπολέμηση της ιογενούς λοίμωξης [2].

Υπάρχουν άλλες διαθέσιμες επιλογές για την καλλιέργεια του ιού SARS-CoV-2, συμπεριλαμβανομένων των επιθηλιακών κυττάρων του ανθρώπινου αεραγωγού, τα οποία είναι πνευμονικά κύτταρα που χρησιμεύουν ως το πρώτο χαράκωμα άμυνας έναντι των ιών του αναπνευστικού:

Ένα διάγραμμα ροής που θα βοηθήσει κάποιον να προσδιορίσει ποια κυτταρική γραμμή ή ζωικό μοντέλο θα χρησιμοποιήσει, ανάλογα με τον σκοπό του. Εικόνα από εδώ.

Αυτά είναι μερικά από τα ίδια τα κύτταρα που μολύνονται όταν κάποιος κολλήσει μια λοίμωξη του αναπνευστικού, οπότε αναμφισβήτητα θα ήταν καλύτερα μοντέλα για μολυσματικότητα στους ανθρώπους.

Αλλά όταν οι ερευνητές λαμβάνουν θετικά δείγματα PCR από ανθρώπους και θέλουν να προσδιορίσουν πόσο μολυσματικά είναι, συνήθως χρησιμοποιούν κύτταρα Vero (παραδείγματα εδώ, εδώ, εδώ, εδώ, εδώ, εδώ, εδώ, εδώ, εδώ, εδώ και εδώ).

Πώς συγκρίνονται τα κύτταρα Vero με τα κύτταρα του πνεύμονα;

Πώς συγκρίνονται τα κύτταρα Vero E6 με τα ανθρώπινα πνευμονικά κύτταρα, όσον αφορά την ευαισθησία στον SARS-CoV-2;

Ας δούμε αυτή τη μελέτη: Εκτίμηση κλινικής μολυσματικότητας SARS-CoV-2 στα Vero E6 και στα πρωτεύοντα επιθηλιακά κύτταρα των αεραγωγών

Διαπίστωσαν ότι από τα 39 άτομα που βρέθηκαν θετικά εντός 5 ημερών από την έναρξη των συμπτωμάτων, η απομόνωση του ιού ήταν επιτυχής σε 27 (69%) δείγματα σε κύτταρα Vero E6, αλλά μόνο 12 (31%) δείγματα σε επιθηλιακά κύτταρα των αεραγωγών.

Εικόνα από το Παράρτημα εδώ. Κενοί κύκλοι = ανεπιτυχής απομόνωση. μισογεμάτος κύκλος = επιτυχής μόνο σε κύτταρα Vero-E6, γεμάτος κύκλος = επιτυχής απομόνωση τόσο στα επιθηλιακά κύτταρα Vero E6, όσο και στα κύτταρα του ανθρώπινου αεραγωγού.

Τα επιθηλιακά κύτταρα του ανθρώπινου αεραγωγού (HAE) απέδωσαν επίσης πολύ λιγότερο ιό:

**Εικόνα από το Παράρτημα εδώ. Ιϊκά φορτία 6 ημέρες μετά τη μόλυνση σε κύτταρα Vero E6 και HAE**

Σημειώστε την κλίμακα στο γράφημα. Είναι τουλάχιστον μια τάξη μεγέθους διαφορά.

Τώρα, το σκεπτικό για τη χρήση κυττάρων Vero E6 είναι κατανοητό για ορισμένες περιπτώσεις χρήσης. Για παράδειγμα, αν κάποιος θέλει να παράγει πολλούς ιούς για κάποια μεταγενέστερη εφαρμογή, όπως η μελέτη του ίδιου του ιού, είναι λογικό.

Είναι επίσης κατανοητό για την αίσθηση του πόσο ιός δεν είναι εντελώς “νεκρός”. Σε αυτήν την περίπτωση, είναι λογικό να χρησιμοποιείται ένα κύτταρο που είναι πολύ ευαίσθητο στον ιό. Με αυτόν τον τρόπο κάθε ιός που είναι ακόμα “ζωντανός” ή βιώσιμος μπορεί να έχει τη μέγιστη πιθανότητα να μολύνει ένα κύτταρο.

Αλλά για να έχετε μια αίσθηση του πόσο μολυσματικός είναι κάποιος για τους άλλους ανθρώπους στην πραγματική ζωή, κάτι που είναι σημαντικό για τη δημόσια υγεία, είναι δύσκολο να υποστηρίξουμε ότι τα κύτταρα Vero E6 είναι τα καλύτερα κύτταρα για χρήση.

Πιθανώς υπερεκτιμούν το ποσοστό των θετικών δειγμάτων PCR που περιέχουν ιό που είναι μολυσματικός για τον άνθρωπο, καθώς και πόσο μολυσματικό είναι ένα δεδομένο δείγμα.

Όλα τα μοντέλα είναι ελαττωματικά, αλλά μερικά είναι χειρότερα από τα άλλα

Αυτό δεν σημαίνει ότι η χρήση κυτταρικών καλλιεργειών ανθρώπινων πνευμονικών κυττάρων θα ήταν τέλεια. Οποιεσδήποτε καλλιέργειες ή κύτταρα που αναπτύσσονται σε τρυβλία Petri ή φιάλες, θα είναι διαφορετικές από το πώς θα ήταν υπό φυσιολογικές συνθήκες. Οι κυτταρικές καλλιέργειες δεν θα περιλαμβάνουν πολλά πράγματα που υπάρχουν σε υγιείς πνεύμονες, όπως τα ανοσοκύτταρα, οι αντιικές πρωτεΐνες και η βλέννα, η οποία παγιδεύει και δημιουργεί ένα εχθρικό περιβάλλον για τους ιούς.

Άλλες επιλογές που προσπαθούν να μιμηθούν τον ανθρώπινο αεραγωγό ή τον πνεύμονα περιλαμβάνουν οργανοειδή μοντέλα, τα οποία αποτελούνται από πολλαπλούς τύπους κυττάρων και ζωικά μοντέλα, όπως ποντίκια ή πίθηκοι. Καμία από αυτές τις επιλογές δεν είναι τέλεια, αλλά η εικασία μου είναι ότι τουλάχιστον μερικές από αυτές είναι καλύτερες από τα κύτταρα Vero, τουλάχιστον αν προσπαθείτε να προσδιορίσετε τη μολυσματικότητα στους ανθρώπους.

Τι ποσοστό των θετικών “κρουσμάτων” από PCR έχουν καλλιεργήσιμο ιό;

Ακόμη και με το γεγονός ότι τα κύτταρα Vero είναι αρκετά ευαίσθητα στον SARS-CoV-2, συχνά τα θετικά δείγματα PCR δεν παράγουν καλλιεργήσιμο ιό και τα αποτελέσματα που παίρνουμε είναι ό,τι να’ναι. Ακολουθεί μια τυχαία δειγματοληψία μελετών που καλλιέργησαν ιό από θετικά δείγματα PCR:

Αυτή η μελέτη διαπίστωσε ότι 23 από τους 129 (17,8%) ασθενείς που είχαν βρεθεί θετικοί μέσω PCR και νοσηλεύτηκαν με COVID-19, είχαν καλλιεργήσιμο ιό. Πήραν 690 δείγματα από τους 129 ασθενείς και από αυτούς, οι 62 (9%) είχαν καλλιεργήσιμο ιό.
Αυτή η μελέτη διαπίστωσε ότι 7 από τους 39 (18%) ασυμπτωματικούς ανθρώπους που είχαν βγει θετικοί είχαν καλλιεργήσιμο ιό. Πήραν 166 δείγματα από τα 39 άτομα και από αυτά, τα 9 (5,4%) είχαν καλλιεργήσιμο ιό.
Αυτή η μελέτη διαπίστωσε ότι 56 από τα 234 (24%) δείγματα που συλλέχθηκαν από 195 άτομα είχαν ιό που μπορούσε να απομονωθεί. Η υψηλότερη τιμή κύκλου PCR (Ct) σε οποιοδήποτε δείγμα όπου ο ιός καλλιεργήθηκε επιτυχώς, ήταν 32. Θυμηθείτε, οι υψηλότερες τιμές Ct σχετίζονται αντιστρόφως με την ποσότητα του αρχικού RNA. Υψηλότερη τιμή Ct σημαίνει ότι υπήρχε χαμηλότερη αρχική ποσότητα RNA [3].
Αυτή η μελέτη διαπίστωσε ότι 4 από τους 14 (28,6%) ασθενείς που ήταν θετικοί στην PCR είχαν καλλιεργήσιμο ιό.
Αυτή η μελέτη διαπίστωσε ότι 26 από τα 90 (28,9%) θετικά δείγματα PCR είχαν καλλιεργήσιμο ιό. Η πιθανότητα εμφάνισης καλλιεργήσιμου ιού κορυφώθηκε περίπου την τρίτη ημέρα μετά την έναρξη των συμπτωμάτων και γρήγορα μειώθηκε μετά από αυτήν. Δεν υπήρχε καλλιεργήσιμος ιός όταν η τιμή Ct ήταν μεγαλύτερη από 24.
Αυτή η μελέτη διαπίστωσε ότι το 46% (11/24) των δειγμάτων την ημέρα 5 από την έναρξη των συμπτωμάτων και το 20% (6/30) των δειγμάτων την ημέρα 7 από την έναρξη των συμπτωμάτων, είχαν καλλιεργήσιμο ιό (Omicron). Όλα τα δείγματα σε αυτή την περίπτωση προέρχονταν από εμβολιασμένους εργαζόμενους στον τομέα της υγείας.
Αυτή η μελέτη διαπίστωσε ότι 12 από τα 23 (52%) θετικά δείγματα PCR είχαν καλλιεργήσιμο ιό.
Αυτή η μελέτη διαπίστωσε ότι 6 από τους 11 (54,54%) ασθενείς θετικούς σε PCR είχαν καλλιεργήσιμο ιό. Πήραν επίσης πολλά δείγματα από τα ίδια άτομα και διαπίστωσαν ότι 15 από τα συνολικά 63 θετικά δείγματα PCR (23,80%) είχαν καλλιεργήσιμο ιό.
Αυτή η μελέτη διαπίστωσε ότι το 29,2% των δειγμάτων παραλλαγής Alpha και το 74,2% των δειγμάτων παραλλαγής Delta είχαν καλλιεργήσιμο ιό.

Τι πρέπει να συμπεράνουμε από αυτά τα διαφορετικά αποτελέσματα;

Γιατί το μεγάλο εύρος αποτελεσμάτων; Λοιπόν, δεν ήταν όλα τα πρωτόκολλα για τη δειγματοληψία ή την καλλιέργεια τα ίδια. Οι τύποι των ασθενών που ελήφθησαν ως δείγμα δεν ήταν οι ίδιοι. Οι δοκιμές PCR δεν ήταν όλες ίδιες. Οι τιμές Ct που χρησιμοποιούσαν ως σημεία αποκοπής για να καθορίσουν εάν ένα δείγμα ήταν θετικό για PCR, δεν ήταν οι ίδιες. Ούτε οι παραλλαγές ιών ήταν ίδιες.

Αλλά ακόμα κι αν πάρουμε τη μελέτη που αναφέρει το υψηλότερο ποσοστό θετικών δειγμάτων PCR με καλλιεργήσιμο ιό, η οποία ανέφερε ότι το 74,2% αυτών με την παραλλαγή Delta είχαν καλλιεργήσιμο ιό, δεν εμπνέει εμπιστοσύνη. Εάν λάβουμε αυτά τα αποτελέσματα στην ονομαστική τους αξία, σημαίνει ότι το ένα τέταρτο των θετικών PCR ασθενών δεν παράγει καλλιεργήσιμο ιό.

Παρεμπιπτόντως, έχουμε επικεντρωθεί κυρίως σε μεθοδολογικά ελαττώματα που θα μπορούσαν να οδηγήσουν σε υπερεκτίμηση της μολυσματικότητας ενός θετικού δείγματος PCR, αλλά υπάρχουν σφάλματα που θα μπορούσαν να πάνε αντίθετα. Για παράδειγμα, ο βιώσιμος ιός θα μπορούσε να κολλήσει στον εξοπλισμό που χρησιμοποιείται για τη μεταφορά δειγμάτων ιού, όπως τα άκρα πιπέτας [4], ή τα δείγματα θα μπορούσαν να αποθηκευτούν για πολύ μεγάλο χρονικό διάστημα ή ακατάλληλα, γεγονός που θα μπορούσε να οδηγήσει σε υποβάθμιση του ιού και υποτίμηση της μολυσματικότητας του δείγματος.

Αυτά τα σφάλματα εξισορροπούν την προκατάληψη που σχετίζεται με το γεγονός ότι τα κύτταρα Vero είναι πιθανώς πιο ευαίσθητα στον SARS-CoV-2 από τον μέσο υγιή άνθρωπο σας; Ποιός ξέρει…

Το κύριο σημείο είναι το εξής: εάν κάποιος πει ότι πρέπει να χρησιμοποιήσουμε μια συγκεκριμένη τιμή Ct ως σημείο αποκοπής για τη μολυσματικότητα στους ανθρώπους, θα πρέπει να γνωρίζετε ότι:

πιθανώς το βασίζουν στα αποτελέσματα των κυττάρων Vero και
τα αποτελέσματα των κυττάρων Vero είναι ό,τι να’ναι.

Ευχαριστώ πολύ που είστε δωρεάν συνδρομητής στο Critical Thinking Newsletter. Εάν θέλετε να υποστηρίξετε την δουλειά μου,

Σας ευχαριστώ θερμά για την υποστήριξη!

Γίνεται χειρότερο: οι συν-λοιμώξεις συμβαίνουν

Αυτό δεν είναι το μόνο πρόβλημα. Όταν οι ερευνητές λαμβάνουν θετικά δείγματα PCR από ανθρώπους και καλλιεργούν τον SARS-CoV-2 από αυτούς, δεν κάνουν τίποτα για να προσπαθήσουν να φιλτράρουν άλλους ιούς.

Αυτό που κάνουν συνήθως είναι να προσθέτουν το δείγμα μπατονέτας σε ένα σωληνάριο με αρκετό υγρό μέσο για να το περιστρέψουν σε μια φυγόκεντρο, η οποία διαχωρίζει βαρύτερα πράγματα, όπως κύτταρα, από ελαφρύτερα πράγματα, όπως ιούς. Το ελαφρύτερο υλικό, ή το “υπερκείμενο” θα καταλήξει στην κορυφή και αυτό είναι το υλικό που εφαρμόζεται στα κύτταρα Vero, για να προσπαθήσει να τα σκοτώσει.

Μερικές φορές υπάρχει ένα πρόσθετο βήμα φιλτραρίσματος, αλλά όπως ακριβώς συμβαίνει με τη φυγοκέντρηση, αυτό απλώς διαχωρίζει τα πράγματα κατά μέγεθος, επομένως θα εξακολουθούν να υπάρχουν άλλοι ιοί στο δείγμα, εφόσον είναι μικρότεροι από το μέγεθος του φίλτρου.

Αυτό θα μπορούσε να είναι πρόβλημα, επειδή τα κύτταρα Vero είναι ευαίσθητα σε μια ολόκληρη δέσμη ιών του αναπνευστικού, συμπεριλαμβανομένων των ιών της γρίπης, του RSV, των εντεροϊών και των κορωνοϊών. Ακολουθεί απλά ένα δείγμα μελετών, όπου άλλοι ιοί καλλιεργήθηκαν σε κύτταρα Vero:

Μπορούν τα θετικά δείγματα PCR για SARS-CoV-2 να περιέχουν και άλλους ιούς; Αυτό μας δίνει μια ιδέα: Ποσοστά συνλοίμωξης μεταξύ SARS-CoV-2 και άλλων παθογόνων του αναπνευστικού

Από τα 116 δείγματα θετικά για SARS-CoV-2, 24 (20,7%) ήταν θετικά για 1 ή περισσότερα επιπλέον παθογόνα, σε σύγκριση με 294 από τα 1.101 δείγματα (26,7%) αρνητικά για SARS-CoV-2.

Από τα δείγματα που βρέθηκαν θετικά, περίπου το 20,7% βρέθηκαν θετικά για 1 ή περισσότερα επιπλέον παθογόνα. Αυτό δεν είναι αμελητέο. Τώρα, όλα αυτά ήταν σε συμπτωματικούς ασθενείς (πχ. βήχας, πυρετός, δύσπνοια). Ίσως η συχνότητα να είναι μικρότερη σε ασυμπτωματικούς ανθρώπους; Αλλά ακόμα κι αν η επίπτωση είναι η μισή από αυτή σε ασυμπτωματικούς ανθρώπους, αυτό δεν είναι ακόμη αμελητέος αριθμός.

Οι πιο συχνές συν-λοιμώξεις ήταν με ρινοϊό/εντεροϊό (6,9%), RSV (5,2%) και μη SARS-CoV-2 κορωνοϊούς (4,3%). Αλλά δεν είναι ότι έκαναν τεστ για κάθε πιθανό ιό που θα μπορούσε να συναντηθεί στον πραγματικό κόσμο. Έψαξαν μόνο για καμιά δεκαριά περίπου γνωστούς ιούς. Επομένως, θα μπορούσαν να υπήρχαν άλλοι ιοί που δεν είχαν ελεγχθεί.

Με λίγα λόγια, ορίστε τι γίνεται συχνά: παίρνουμε δείγματα επιχρίσματος από άτομα, τα οποία μπορεί να περιέχουν πολλούς ιούς και τα εφαρμόζουμε στα κύτταρα Vero.

Σε ορισμένες περιπτώσεις, χρησιμοποιείται μια “δοκιμασία σχηματισμού εστίασης” για να προσδιοριστεί πόσο επιτυχής μόλυνση υπήρξε. Αυτό χρησιμοποιεί ένα αντίσωμα που υποτίθεται ότι είναι ειδικό για τον SARS-CoV-2, για να προσπαθήσει να δει πόσες “εστίες” ή συστάδες μολυσμένων κυττάρων υπάρχουν. Το όφελος αυτής της μεθόδου είναι ότι εφόσον το αντίσωμα είναι πραγματικά ειδικό για τον SARS-CoV-2, όποιες εστίες μετράτε θα πρέπει να οφείλονται σε μόλυνση από τον SARS-CoV-2 [5].

Ωστόσο, πολλές μελέτες απλώς βλέπουν εάν η εφαρμογή του δείγματος επιχρίσματος σε κύτταρα Vero προκαλεί σημάδια “κυτταροπαθητικού αποτελέσματος” (CPE) ή θανάτου στα κύτταρα.

Μετά τον θάνατο των κυττάρων Vero, ορισμένες μελέτες απλώς αποδίδουν οποιονδήποτε κυτταρικό θάνατο στον SARS-CoV-2, παρά το γεγονός ότι μπορεί να υπάρχουν άλλοι ιοί που τα σκοτώνουν (παραδείγματα εδώ και εδώ). Αυτό μπορεί προφανώς να υπερεκτιμήσει τη “μολυσματικότητα” που αποδίδεται στον SARS-CoV-2 στο δείγμα.

Υπάρχουν ορισμένες μελέτες που λαμβάνουν περαιτέρω μέτρα για να επιβεβαιώσουν τουλάχιστον ότι ο SARS-CoV-2 αναπτύσσεται στις καλλιέργειες, αναζητώντας αυξανόμενα επίπεδα RNA του SARS-CoV-2 (χρησιμοποιώντας PCR) στις καλλιέργειες, για παράδειγμα. Ωστόσο, συνήθως δεν ελέγχεται για την παρουσία άλλων ιών που αναπτύσσονται ταυτόχρονα [6]. Αυτό σημαίνει ακόμα ότι μπορούν να υπερεκτιμήσουν τη “μολυσματικότητα” που αποδίδεται στον SARS-CoV-2 από το δείγμα.

Θα πρέπει να είμαστε πιο προσεκτικοί με τη γλώσσα

Υπάρχει μια παρεξήγηση που συμβαίνει συχνά σε συζητήσεις ή άρθρα που μιλούν για το πώς η θετικότητα της PCR μεταφράζεται σε μεταδοτικότητα. Αυτό συμβαίνει επειδή η γλώσσα μας γύρω από αυτό το θέμα είναι ατημέλητη [7].

Είναι χρήσιμο να κάνουμε κάποιες διακρίσεις:

Θα πρέπει να κάνουμε διάκριση μεταξύ του ιού που είναι "μολυσματικός για τα κύτταρα Vero" έναντι "μολυσματικού για τα ανθρώπινα πνευμονικά κύτταρα" έναντι "μολυσματικού σε πνευμονικά οργανοειδή μοντέλα" έναντι "μολυσματικού για τα ποντίκια" έναντι "μολυσματικού για τους πιθήκους" έναντι "μολυσματικού για τον άνθρωπο".
Ο "μολυσματικός για τον άνθρωπο" μπορεί να υποκατηγοριοποιηθεί περαιτέρω. Μπορούμε να διακρίνουμε μεταξύ “υγιούς ανθρώπου” έναντι “μέσου ανθρώπου” έναντι “της πλειοψηφίας των ανθρώπων” έναντι “ανοσοκατεσταλμένου ανθρώπου”. Θα πρέπει να αποφασίσουμε, από τη σκοπιά της δημόσιας πολιτικής, τι μας ενδιαφέρει περισσότερο, αν είναι ιός που είναι μολυσματικός στον “μέσο άνθρωπο” ή στην “πλειονότητα των ανθρώπων” κλπ.
Θα πρέπει να διακρίνουμε μεταξύ του ιού που μπορεί να σκοτώσει ένα συγκεκριμένο είδος κυττάρου, έναντι του ιού που μπορεί να μολύνει και να αναπαραχθεί σε αυτό το κύτταρο. Αυτό συμβαίνει επειδή είναι πιθανό ένας ιός να σκοτώσει ένα κύτταρο ή το κύτταρο να αυτοκτονήσει, προτού ο ιός έχει την ευκαιρία να αναπαραχθεί. Σε αυτές τις περιπτώσεις, θα μπορούσαμε να ονομάσουμε τον ιό "κυτταροπαθητικό" σε αυτό το κύτταρο, αλλά ίσως δεν πρέπει να πούμε ότι είναι "μολυσματικός" σε αυτό το κύτταρο, εάν ο ιός δεν αναπαράγεται στο κύτταρο [8].
Επίσης, το "μολυσματικό" δεν σημαίνει το ίδιο με το "μεταδοτικό", το οποίο θα μπορούσε περαιτέρω να διαφοροποιηθεί από το "μεταδοτικό στα περισσότερα κοινωνικά περιβάλλοντα".

Για παράδειγμα, ένας ιός μπορεί να μολύνει ένα υγιές άτομο, αρκεί να κολλήσετε ένα μάτσο του ιού απευθείας στη μύτη του ή να φτερνιστείτε απευθείας στο πρόσωπό του. Θα μπορούσατε να ονομάσετε αυτόν τον ιό “μεταδοτικό”, αλλά αυτό δεν σημαίνει ότι έχει την ικανότητα να επιβιώνει στον αέρα για αρκετό καιρό ώστε να μεταδίδεται ρεαλιστικά στους ανθρώπους στις περισσότερες κοινωνικές καταστάσεις, όπως το να κάθεστε στο ίδιο τραπέζι για ένα γεύμα, για παράδειγμα.

Παρεμπιπτόντως, η μεταδοτικότητα δεν εξαρτάται μόνο από τις ιδιότητες του ιού. Θα επηρεαστεί από περιβαλλοντικούς παράγοντες όπως η θερμοκρασία, η παρουσία υπεριώδους φωτός, η ροή του αέρα κλπ.

Βασικά σημεία

Ο τρόπος που συνηθέστερα προσδιορίζουμε εάν και πόσος “μολυσματικός” ιός είναι σε ένα δείγμα PCR, είναι η καλλιέργεια τους σε κύτταρα Vero.
Τα κύτταρα Vero έχουν γενετικό ελάττωμα στην παραγωγή ιντερφερονών τύπου Ι που τα καθιστά ιδιαίτερα ευαίσθητα στους ιούς.
Τα κύτταρα Vero είναι πιο ευαίσθητα στον SARS-CoV-2 από τα επιθηλιακά κύτταρα του ανθρώπινου αεραγωγού.
Η χρήση οποιασδήποτε κυτταρικής καλλιέργειας μπορεί να υπερεκτιμήσει τη μολυσματικότητα στους ανθρώπους, επειδή οι κυτταροκαλλιέργειες δεν διαθέτουν πολλά πράγματα που υπάρχουν σε υγιείς πνεύμονες.
Τα κύτταρα Vero πιθανώς υπερεκτιμούν τη μολυσματικότητα περισσότερο από άλλες κυτταρικές σειρές.
Μπορούν επίσης να συμβούν σφάλματα που υποτιμούν τη μεταδοτικότητα, αλλά δεν έχουμε ιδέα αν εξισορροπούν σφάλματα ή προκαταλήψεις που την υπερεκτιμούν.
Οι εκτιμήσεις για το πόσο μολυσματικά είναι τα θετικά δείγματα PCR ποικίλλουν πολύ.
Τα κύτταρα Vero μπορούν επίσης να φιλοξενήσουν άλλους αναπνευστικούς ιούς.
Οι ταυτόχρονες λοιμώξεις με άλλους ιούς του αναπνευστικού εμφανίζονται σε μη αμελητέο ποσοστό (~20%), τουλάχιστον σε άτομα με συμπτώματα.
Όταν προετοιμάζουμε δείγματα επιχρίσματος για καλλιέργεια, δεν φιλτράρουμε άλλους ιούς, πράγμα που σημαίνει ότι μέρος του κυτταρικού θανάτου σε καλλιέργειες μπορεί να οφείλεται σε ιούς εκτός από τον SARS-CoV-2. Ορισμένες μέθοδοι για την ανίχνευση της μολυσματικότητας υπερεκτιμούν πόσο μέρος του θανάτου προκλήθηκε από τον SAR-CoV-2.
Το "κυτταροπαθητικό" δεν είναι το ίδιο με το "μολυσματικό σε κύτταρο Vero" ή "μολυσματικό σε ανθρώπινο πνευμονικό κύτταρο" ή "μολυσματικό σε οργανοειδές ανθρώπινου πνεύμονα" ή "μολυσματικό σε έναν πίθηκο" ή "μολυσματικό σε έναν υγιή άνθρωπο" ή "μεταδοτικό" ή “μεταδοτικό στα περισσότερα κοινωνικά περιβάλλοντα”.

Να είστε προσεκτικοί με τυχόν στατιστικά στοιχεία σχετικά με τον “μολυσματικό” ιό από δείγματα PCR

Για οποιαδήποτε δεδομένη εξέταση PCR, δεν γνωρίζουμε πραγματικά ποιο ποσοστό των θετικών στην PCR ατόμων είναι επίσης άτομα που μπορούν να αρρωστήσουν άλλους ανθρώπους. Αυτό δεν είναι το ίδιο με το ποσοστό των ανθρώπων που έχουν "ιό που μπορεί να καλλιεργηθεί σε κύτταρα Vero".

Και πάλι, δεν είναι ότι δεν πρέπει να χρησιμοποιούμε ποτέ κύτταρα Vero. Για να καθοριστεί εάν υπάρχει βιώσιμος ιός σε ένα δείγμα, έχουν νόημα. Αλλά δεν έχουμε κανέναν τρόπο να γνωρίζουμε εάν τα αποτελέσματα που παίρνουμε από τα κύτταρα Vero πλησιάζουν το μοντέλο της μολυσματικότητας στους ανθρώπους στην πραγματική ζωή. Δεν υπάρχει καμία βασική αλήθεια για να το συγκρίνουμε.

Σίγουρα, η PCR μπορεί να σας δώσει μια αίσθηση του πόσο ιικό RNA υπάρχει και περισσότερο ιικό RNA μπορεί να συσχετιστεί με περισσότερο ιό που είναι δυνητικά μολυσματικός για τον άνθρωπο [9]. Αλλά αν κάποιος πει πράγματα όπως "x ποσότητα RNA σημαίνει ότι υπάρχει y ποσότητα μολυσματικού ιού” ή “ένα θετικό αποτέλεσμα PCR με τιμή Ct κάτω από το x σημαίνει ότι το άτομο είναι πιθανό να μολύνει”, θα πρέπει να είστε δύσπιστοι.

Τώρα ξέρετε ότι δεν έχουν πραγματικά καλό τρόπο να το γνωρίζουν αυτό.

Αυτό σίγουρα δεν είναι το μόνο πρόβλημα με τον τρόπο που χρησιμοποιούσαμε ή ερμηνεύαμε τα αποτελέσματα των δοκιμών PCR. Περισσότερα σχετικά με αυτό πιθανότατα θα δοθούν σε μελλοντικές αναρτήσεις.

Ευχαριστώ πολύ που είστε δωρεάν συνδρομητής στο Critical Thinking Newsletter. Εάν θέλετε να υποστηρίξετε την δουλειά μου,

Σας ευχαριστώ θερμά για την υποστήριξη!

1 Ορισμένες μελέτες χρησιμοποιούν μια τροποποιημένη έκδοση του Vero E6 που ονομάζεται "VeroE6-TMPRSS2", η οποία είναι ακόμη πιο ευαίσθητη στον SARS-CoV-2 (δείτε εδώ).

2 Οι ιντερφερόνες το κάνουν αυτό προτρέποντας τα κύτταρα να κάνουν πράγματα που βοηθούν στον περιορισμό της εξάπλωσης του ιού και ενεργοποιούν τα κύτταρα του ανοσοποιητικού, μεταξύ άλλων (περισσότερα εδώ).

3 Για κάποιο λόγο ο Fauci ανέφερε μια τιμή Ct 35 ως σημείο αποκοπής. Δεν είμαι σίγουρος από πού πήρε αυτόν τον αριθμό.

4 Οι πιπέτες χρησιμοποιούνται στο εργαστήριο για τη συλλογή και τη μεταφορά υγρών (δείτε ένα παράδειγμα εδώ) και οι μύτες της πιπέτας είναι οι μύτες μιας χρήσης που περιέχουν πραγματικά το υγρό (παράδειγμα εδώ). Μερικές φορές τα πράγματα μπορεί να κολλήσουν σε αυτά και να χάσεις δείγμα.

5 Τουλάχιστον εν μέρει. Ωστόσο, αυτό δεν σημαίνει ότι μεμονωμένα κύτταρα δεν θα μπορούσαν να φιλοξενούν πολλούς άλλους ιούς.

6 Το πιο κοντινό πράγμα που έκανε έλεγχο για αυτό ήταν αυτή η μελέτη, η οποία αναλύει την αλληλουχία του RNA από τα υπερκείμενα της καλλιέργειάς τους. Είναι πιθανό ότι άλλοι ιοί αναλύθηκαν από το υπερκείμενο, αλλά οι ερευνητές δεν προσπάθησαν να χαρτογραφήσουν κάτι που δεν ήταν SARS-CoV-2, πιθανώς επειδή θεώρησαν ότι δεν ήταν σημαντικό να αναζητήσουν άλλους ιούς.

7 Για περισσότερα σχετικά με αυτό, δείτε εδώ.

8 Έτσι, μελέτες που απλώς μετρούν εάν ένας ιός σκοτώνει μια συγκεκριμένη κυτταρική καλλιέργεια, χωρίς να ελέγξουν αν ο ιός αναπτύσσεται επίσης σε αυτήν την καλλιέργεια, επιβεβαίωσαν μόνο ότι ο ιός είναι κυτταροπαθητικός σε αυτό το κύτταρο, όχι απαραίτητα “μολυσματικός” σε αυτό το κύτταρο.

9 Τουλάχιστον νωρίς κατά τη διάρκεια μιας λοίμωξης. Η συσχέτιση φαίνεται να καταρρέει αργότερα κατά τη διάρκεια της λοίμωξης.

Critical Thinking